2011년 보건산업진흥원의 보건복지부 정기감사 결과에 따르면, 보건의료기술 연구개발사업의 연구를 주관해 수행하는 기관의 2009년도 및 2010년도 연구개발비 정산 내역 중 용도외에 사용한 1백만원 이상의 연구비가 회수된 과제가 42건, 금액은 총 36억여원에 이르는 것으로 나타났다.

회수 사유를 보면 연구개발비를 연구와 해당없는 곳에다 사용했거나 증빙이 되지 않는 비용, 심지어는 술을 먹는데 사용하고 명절 선물 등을 구입하는데 사용한 것으로 밝혀졌다.

보건의료기술연구개발사업관리규정에 따르면 연구개발비를 용도 외에 사용하는 경우 최대5년까지 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있으며 부정집행이 확인된 경우 부정집행 금액 회수와 함께 국가연구개발사업 참여제한과 간접경비 및 연구활동비에 대한 회수조치를 복지부에 요청해야 한다.
 
이애주 의원은 “그럼에도 불구하고 진흥원은 연구비만 회수하고 참여제한이라든지 등의 조치는 복지부에 단 한건도 요청하지 않았다”고 지적했다.

이 사안에 대해 현재 진흥원은 “부정집행은 아니고 기준외 집행이었다” 라며 복지부와 관리규정 33조를 정비하려고 논의 중”이라고 답했다.

이에 이애주 의원은 “규정에 없는 ‘기준 외 집행’이라는 말을 만들어서 주관연구기관을 옹호하려는 것이 아닌가 하는 의구심이 든다”고 지적하며 “연구비 회수사유에 대해 재검토 하고 잘못이 명백한 주관연구기관에 대해서는 규정대로제재조치를 해야 한다”고 주장했다.