식약청에 대한 감사원의 감사 결과에 따르면 식품안전에 대한 국민 신뢰도가 낮고, 식중독 발생률은 높은 등 국내 식품안전관리 수준은 전반적으로 선진국에 미치지 못하고 있는 한편 유해식품 회수 등 식품안전 조치가 미흡 한 것으로 나타났다.

또한 잔류우려가 있는 농약에 대한 검사가 제대로 이뤄지지 않고, 일부 연구원에서 검사성적서를 허위로 발급하고 공인 시험법을 준수하지 않았으며, 식품위생법을 반복해 위반하는 HACCP업소에 대한 관리 부실과 더불어 안전기준 위반 업체에 대한 행정처분이 제대로 이루어지지 않는 등 식품안전관리 전반에서 문제점이 많은 것으로 드러났다.

이 같은 사실은 식약청이 국회 한나라당 심재철의원(보건복지가족위, 안양동안을)에게 제출한 '식품안전관리 실태 감사 자료'를 통해 밝혀졌다.

감사원은 “쇳가루가 혼입된 고춧가루, 멜라민 사태 등 잇따른 식품사고에 대처하면서 식품안전을 사전에 확보하는 체계를 구축하기보다는 사후 대책을 마련하는데 치중하고 있어 식품에 대한 국민의 불안감이 계속 커지고 있다”고 감사 실시 배경을 밝혔다.

특히 감사 결과 식품안전관리의 국가별 지표를 살펴보면 한국은 식품안전에 대한 국민 신뢰도에서 40점에 불과해 미국의 81점과 EU의 65점, 일본의 53점보다 낮은 것으로 나타났다.

백만 명당 식중독 환자수도 미국의 86명과 EU의 105명보다 많은 154명을 기록했으며, 유해식품 회수율도 26.5%를 기록하여 미국의 36%보다 낮은 것으로 나타났다.

뿐만 아니라 위해요소 중점관리기준인 HACCP 적용업소 비율도 미국과 일본보다 낮은 2.5%에 불과한 것으로 밝혀졌다. 

주요 감사 지적 내용은 △국립수의과학검역원에서는 식약청이 180개 동물용 의약품 성분 중 79개의 식품 내 잔류허용 기준을 마련하기도 전에 동물용 의약품의 국내 시판ㆍ사용을 허용 △각 시·도 보건환경연구원에서 잔류기준이 설정된 418개 농약성분 전부가 아닌 일부(190개) 성분만 임의로 검사항목으로 선정하고 있는데도 방치 등이다.

또한 △보건환경연구원이 시·도 소속이라는 이유로 검사 수행의 적정성을 점검하지 않고 있고, 일부 보건환경연구원에서 허위 성적서를 발급하거나 공인된 시험법을 준수하지 않고 있는데도 이를 방치 △식품위생법을 반복해 위반하고 있는 HACCP 적용업소 방치 △식품업체의 허위·과대 금지규정 위반 사실을 통보 받고도 특별한 사유 없이 116건(08 ~ '09년) 행정처분 미조치 등도 해당된다.